정조가 그날그날 쓴 짧은 기록을 편집하여 엮은 것으로 주 내용은 화완옹주, 정후겸, 홍인한 일당이 정조에게 얼마나 무례하게 대했는지에 대한 것이다. 흔히 역사에서는 이들이 정조의 등극을 막기 위해 갖은 방법을 다해 공격한 것처럼 말하지만 [존현각일기]에는 이들이 정조의 사랑을 얻기 위해 '투정'하는 모습만 나타난다. 이들은 궁료 홍국영, 정민시 등만 사랑하지 말고, 왕실의 친인척으로 진정으로 버팀목이 되리 수 있는 자기들을 아껴달라고 주문했다. 정조가 계속 냉랭하게 대하니 달래고 어른다는 것이 정조에게 불충, 나아가 반역으로 비친 것이다.