나경언의 고변은 그 절차와 과정부터 의혹이 적지 않다. 이해중은 나경언의 고변을 알릴 때 지나치게 서둘렀다는 의혹을 받았다. 앞뒤 사정을 살피고 나경언을 한 차례라도 심문한 다음 위에 알리지 않고 고변을 바로 임금에게 보고하여 결국 세자가 화를 입었다는 것이다. 또 임금이 친국을 하기 전에 피의자의 몸수색을 소홀히 한 것도 의심을 받았다. 임금을 코앞에서 만나는 자리인데 나경언이 옷에서 고변서를 꺼낼 정도로 몸수색을 소홀히 한 것이 수상하다는 말이다. 이 의혹은 모두 나경언의 배후를 의심하게 한다.